NRAO Home > CASA > CASA Task Reference Manual

0.1.36 imcollapse

Requires:

Synopsis
Collapse image along one axis, aggregating pixel values along that axis.

Arguments





Inputs

imagename

Name of the input image

allowed:

string

Default:

function

Aggregate function to apply. This can be set one of flux, max, mean, median, min, rms, stdev, sum, variance. Must be specified.

allowed:

string

Default:

axes

Zero-based axis number(s) or minimal match strings to collapse.

allowed:

variant

Default:

[0]

outfile

Name of output CASA image. Must be specified.

allowed:

string

Default:

box

Rectangular region to select in direction plane. See ”help par.box” for details. Default is to use the entire direction plane.

allowed:

string

Default:

region

Region selection. See ”help par.region” for details. Default is to use the full image.

allowed:

string

Default:

chans

Channels to use. See ”help par.chans” for details. Default is to use all channels.

allowed:

string

Default:

stokes

Stokes planes to use. See ”help par.stokes” for details. Default is to use all Stokes planes.

allowed:

string

Default:

mask

Mask to use. See help par.mask. Default is none.

allowed:

string

Default:

overwrite

Overwrite exisitng ouput file if it exists?

allowed:

bool

Default:

False

stretch

Stretch the mask if necessary and possible? See help par.stretch

allowed:

bool

Default:

False

Returns
bool

Example

 
PARAMETER SUMMARY  
imagename        Name of the input (CASA, FITS, MIRIAD) image  
function         Function used to compute aggregation of pixel values along the collapsed  
                 axis. Supported functions are flux, max, mean, median, min, rms, stdev,  
                 sum, variance. Minimum match is supported for the function parameter (eg,  
                 function="r" will compute the rms of the pixel values).  
axis             Zero-based axis number(s) or minimal match strings to compress.  
outfile          Name of output CASA image. Must be specified.  
overwrite        Controls if an already existing file by the  
                 same name can be overwritten. If true, the user is not prompted, the file  
                 if it exists is automatically overwritten.  
box              Rectangular region to select in direction plane. See "help par.box"  
                 for details. Default is to use the entire direction plane.  
region           Region selection. See "help par.region" for details. Default is to use  
                 the full image.  
chans            Channels to use. See "help par.chans" for details. Default is to use  
                 all channels.  
stokes           Stokes planes to use. See "help par.stokes" for details. Default is to use  
                 all Stokes planes.  
mask             Mask to use. See help par.mask. Default is none.  
stretch          Stretch the input mask if necessary and possible. Only used if a mask is specified.  
                 See help par.stretch.  
 
This task collapses an image along a specified axis or set of axes of N pixels to a single pixel on each  
specified axis. Both float valued and complex valued images are supported. It computes the specified  
aggregate function for pixel values along the specified axes  
and places those values in the single remaining plane of those axes in the output image. It returns  
an image analysis tool containing the newly created collapsed image if wantreturn=True. Choices of  
aggregate functions are: flux (see below for constraints), max, mean, median, min, rms, stdev, sum, variance. Minimal unique match is  
supported for the function parameter (eg, function="r" will compute the rms of the pixel values, "med"  
will compute the median).  
 
If one specifies function=’flux’, the following constraints must be true:  
 
1. The image must have a direction coordinate,  
2. The image must have at least one beam,  
3. The specified axes must be exactly the direction coordinate axes,  
4. Only one of the non-directional axes may be non-degenerate,  
5. The iamge brightness unit must be conformant with x*yJy/beam, where x is an optional unit (such as km/s for moments images)  
   and y is an optional SI prefix.  
 
Axes can be specified as a single integer or array of integers indicating the zero-based axes along  
which to collapse the image. Axes may also be specified as a single or array of strings which minimally  
and uniquely match (ignoring case) world axes names in the image (eg "dec" or ["ri, "d"] for  
collapsing along the declination axis or along the right ascension and declination axes, respectively).  
 
The reference pixel of the collapsed axis is set to 0 and its reference value is set to the mean  
of the the first and last values of that axis in the specified region of the input image.  
 
# myimage.im is a 512x512x128x4 (ra,dec,freq,stokes) image  
imagename = "myimage.im"  
# collapse a subimage of it along its spectral axis avoiding the 8 edge  
# channels at each end of the band, computing the mean value of the pixels  
# resulting image is 256x256x1x4 in size.  
outfile="collapse_spec_mean.im"  
function="mean"  
axis=2  
box="127,127,383,383"  
chans="8~119"  
imcollapse(imagename=imagename, outfile=outfile, function=function, axes=axis, box=box, chans=chans)  
 


More information about CASA may be found at the CASA web page

Copyright 2016 Associated Universities Inc., Washington, D.C.

This code is available under the terms of the GNU General Public Lincense


Home | Contact Us | Directories | Site Map | Help | Privacy Policy | Search